0.1.5

GIVE安装笔记

December 7, 2018

woobamboo

  • 革命尚未成功

Github 地址

https://github.com/Zhong-Lab-UCSD/Genomic-Interactive-Visualization-Engine

组件

  • 包含两个主要部分：
    • GIVE Web Components： 也就是网页部分
    • GIVE server： 服务器部分，包括GIVE server-side（主要由PHP实现） 和 GIVE data source

要求

  1. 克隆源代码

    git clone https://github.com/Zhong-Lab-UCSD/Genomic-Interactive-Visualization-Engine.git

  2. 安装Web Server

    1. 安装MySQL

    2. Apache

    3. PHP + cURL

      https://curl.haxx.se/download.html 获取最新curl,并安装。
# 编译PHP：
./configure --prefix=/picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/php_7.2.12 --with-apxs2=/picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/apache_2.4.37/bin/apxs --with-mysqli --with-curl=/home/dongkaige/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/curl_7.62 --with-config-file-path=/picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/php_7.2.12/php.ini
/RBP_database/dbweb/Softwares/curl_7.62
make test
make -j 40
make install
# 然后把编译文件夹里的 php.ini-development 复制成 php.ini 上面的-with-config-file-path 指定的原来是dir路径。
cp php.ini-development /picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/php_7.2.12
# 测试：
$ ./php -ini | grep Configuration
Configuration File (php.ini) Path => /picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/php_7.2.12/php.ini
Loaded Configuration File => /picb/rnomics2/RBP_database/dbweb/Softwares/php_7.2.12/php.ini/php.ini
Configuration
# 修改http.conf: 添加php.ini 位置

      修改配置：添加php.ini位置

  3. 安装GIVE Server

  1. 使用GIVE-toolbox管理数据track

    GIVE 支持gene annotation, bed, bigWig, interaction data track类型。

    GIVE-toolbox包含9个脚本，用来管理数据。

    • config_host.sh: 对 GIVE service 进行设置
    • initial_ref.sh: 初始化MySQL数据库结构并建立genome reference
    • add_track_geneAnnot.sh: 从UCSC gene table 文件添加基因注释
    • add_trackGroup.sh: 添加track组
    • add_track_bed.sh: 添加bed注释
    • add_track_bigWig.sh: 添加bigwig 注释
    • add_track_interaction.sh: 添加interaction注释
    • list_tracks.sh: 列出GIVE数据结构或特定的track组，或特定track的设置
    • remove_data.sh: 删除一个track，或track group，或整个参考基因组

4.1 演示：

文档太差了。Docker版的都跑不起来。暂时放弃了。

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